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（グレーの背景色）は、「渋沢関係略年譜」を参考のために表示しています。この社史に掲載されている年表項目ではありません。
| 年 | 月日 | 事項 | 年表種別 |
|---|---|---|---|
| 平成11年（1999） | - | 【竜門社】晩香廬(大正6年竣工)の保存修理工事を終了する。 | 渋沢関係略年譜 |
| 4月1日 | 製粉営業部、冷凍食品部にグループ制導入 | 当社関連事項 | |
| 4月1日 | 企業会計制度改正(即日連結会計全面実施、税効果会計全面適用、研究開発費の基準統一、キャッシュフロー計算書作成の義務化。12年4月1日退職給付会計の導入、13年4月1日金融商品時価会計の導入) | 業界・社会一般事項 | |
| 4月5日 | 伊勢崎冷凍食品工場竣工(群馬県伊勢崎市国領町217-1伊勢崎南部第3工業団地B地区、敷地3万8590m3、建物延面積4700m2)。生産能力・調理済冷凍食品月産150万食。4月1日からエヌエフフローズン(株)が運営 | 当社関連事項 | |
| 5月20日 | 北海道大学農学部付属植物園石臼保存建物等竣工記念式 | 当社関連事項 | |
| 5月31日 | コンピュータ西暦2000年問題対応チーム結成 | 当社関連事項 | |
| 6月14日 | エヌピーエフジャパン(株)、ドライペットフード製造ライン日産100トン増設、立体自動倉庫(収容能力860パレット)竣工 | 当社関連事項 | |
| 6月18日 | ニップン冷食(株)竜ヶ崎工場、冷凍食品の製造に関しISO9002の認証を取得 | 当社関連事項 | |
| 6月28日 | 第1回無担保社債50億円および第2回無担保社債50億円発行 | 当社関連事項 | |
| 7月16日 | 新農業基本法(食料・農業・農村基本法)公布施行 | 業界・社会一般事項 | |
| 7月 | 横浜工場ABミル小麦粉サイロ投入設備更新、自動化工事竣工 | 当社関連事項 | |
| 7月 | 専増産ふすま指示価格裸30kg43円引上げ577円に | 業界・社会一般事項 | |
| 8月13日 | 商法改正公布(株式交換制度の創設など。10月1日施行) | 業界・社会一般事項 | |
| 8月13日 | 産業活力再生特別措置法公布(分社化の手続簡素化など。10月1日施行) | 業界・社会一般事項 | |
| 8月23日 | 99年秋季新商品、ベーカリーミックス、世界のパン・菓子シリーズ「P142 ヨーロピアンスイーツミックス」など6品目、家庭用食品「ニップン薄力小麦粉こんな小麦粉ほしかった」など23品目を発売 | 当社関連事項 | |
| 8月 | 横浜工場原料搬送用電気設備更新、自動化工事竣工 | 当社関連事項 | |
| 8月 | 福岡工場Bミル小麦粉サイロの投入排出設備更新工事竣工 | 当社関連事項 | |
| 9月2日 | 株式会社ニップンインターナショナル設立(資本金3000万円、当社100%出資) | 当社関連事項 | |
| 9月9日 | ニップンドーナツ(株)、ミスタードーナッショップを大阪市大正区千島に開店 | 当社関連事項 | |
| 9月22日 | 全国米麦改良協会、初めての国内産麦入札を実施 | 業界・社会一般事項 | |
| 9月28日 | 株式会社テクノクラスタに資本参加(資本金3000万円、株式67%取得。10月1日ニップンテクノクラスタ株式会社に改称) | 当社関連事項 |
