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（グレーの背景色）は、「渋沢関係略年譜」を参考のために表示しています。この社史に掲載されている年表項目ではありません。
| 年 | 月日 | 事項 | 年表種別 |
|---|---|---|---|
| 平成11年（1999） | - | 【竜門社】晩香廬(大正6年竣工)の保存修理工事を終了する。 | 渋沢関係略年譜 |
| 1月 | 文部省、検定規則などを改正し、教科書の検定を簡素化するとともに、内容の厳選を明記 | 教科書・教材関係 | |
| 1月 | 小渕首相が国会で施政方針演説し、「心の教育」を強調 | 教育関係 | |
| 1月 | 京都市の「君が代」訴訟で最高裁が住民側敗訴の判決 | 教育関係 | |
| 1月 | インドネシア政府、東ティモール独立容認提案 | 一般社会・出版関係 | |
| 2月 | 教科書研究センター・教科書協会、「中学校新学習指導要領」と「教科に関する検定基準の改正(小・中学校)」の説明会開催 | 教科書・教材関係 | |
| 2月 | 教科書協会、「小学校教科書の体様に関するめやすの設定についてお願い」を文部省に提出 | 教科書・教材関係 | |
| 2月 | 扶桑社、教科書協会に入会 | 教科書・教材関係 | |
| 2月 | 文部省、幼稚園を皮切りに新教育課程の説明会を開始 | 教育関係 | |
| 2月 | 広島県で校長が日の丸・君が代をめぐる対立を苦に卒業式を前に自殺 | 教育関係 | |
| 2月 | 高知県で初の脳死判定、脳死臓器移植の第一歩を踏み出す | 一般社会・出版関係 | |
| 3月 | 東書文庫及び東京書籍印刷の工場・事務棟・守衛所が北区文化財指定 | 本社関係 | |
| 3月 | 小学校国語の副教材に無断で教科書の文学作品が転載されているとして、作家らが出版差し止めの仮処分を東京地裁に申請 | 教科書・教材関係 | |
| 3月 | 高校と特殊教育諸学校の新学習指導要領を告示 | 教育関係 | |
| 3月 | 政府、日本海の不審船を北朝鮮工作船と判断 | 一般社会・出版関係 | |
| 3月 | 日産自動車、仏国のルノーとの提携に合意 | 一般社会・出版関係 | |
| 4月 | 東書Eネット(TEN)開局 | 本社関係 | |
| 4月 | 中国・人民教育出版社、韓国教科書研究院来訪 | 本社関係 | |
| 4月 | 教科用図書検定調査審議会が高等学校教科書検定基準の改正を了承。実施は10月1日の予定 | 教科書・教材関係 | |
| 4月 | 教科書協会、「高等学校新学習指導要領及び高等学校新教科用図書検定基準」の説明会開催 | 教科書・教材関係 | |
| 4月 | 1999(平成11)年使用の小・中・高等学校の教科書から再生紙使用 | 教科書・教材関係 |
