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（グレーの背景色）は、「渋沢関係略年譜」を参考のために表示しています。この社史に掲載されている年表項目ではありません。
| 年 | 月日 | 事項 | 年表種別 |
|---|---|---|---|
| 平成10年（1998） | - | 【渋沢史料館】渋沢史料館をリニューアルオープンする。 | 渋沢関係略年譜 |
| 2月 | パナマ運河はガツン湖渇水により喫水制限を強化 | 業界・一般事項 | |
| 3月 | 鶴見寮売却 | 当社事項 | |
| 9月 | 米国鉄鋼労使がアンチ・ダンピング提訴 | 業界・一般事項 | |
| 10月 | 日本郵船、昭和海運を吸収合併 | 業界・一般事項 | |
| 10月 | 日本長期信用銀行破綻、一時国有化 | 業界・一般事項 | |
| 11月 | 日本債券信用銀行破綻、一時国有化 | 業界・一般事項 | |
| - | 新星丸購入 | 当社事項 | |
| 平成11年（1999） | - | 【竜門社】晩香廬(大正6年竣工)の保存修理工事を終了する。 | 渋沢関係略年譜 |
| 2月 | 海上遭難安全通信がGMDSSに完全移行 | 業界・一般事項 | |
| 4月 | タイSUS社向けHRC輸送開始 | 当社事項 | |
| 4月 | 大阪商船三井船舶、ナビックスラインを吸収合併、商船三井発足 | 業界・一般事項 | |
| 6月 | 会長に谷川明、社長に鷲見嘉一就任 | 当社事項 | |
| 6月 | 本社組織の一部にグループ導入、チーム制を拡大 | 当社事項 | |
| 7月 | ホストコンピューター2000年対応完成 | 当社事項 | |
| 10月 | CAPSS導入 | 当社事項 | |
| 10月 | 新和エイジェンシー発足 | 当社事項 | |
| 11月 | 沖縄電力向け第1船配船 | 当社事項 | |
| 11月 | シンガポール合弁会社(DAJIN)設立 | 当社事項 | |
| 12月 | 原油タンカー エリカ号、ブルターニュ沖で折損・沈没し重油流出 | 業界・一般事項 | |
| 12月 | パナマ運河の管理運営権が米国からパナマに返還 | 業界・一般事項 | |
| - | SHINREI仕組建造 | 当社事項 |
