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（グレーの背景色）は、「渋沢関係略年譜」を参考のために表示しています。この社史に掲載されている年表項目ではありません。
| 年 | 月日 | 事項 | 年表種別 |
|---|---|---|---|
| 平成11年（1999） | - | 【竜門社】晩香廬(大正6年竣工)の保存修理工事を終了する。 | 渋沢関係略年譜 |
| 1月1日 | 通貨ユーロ利用開始 | 世界の動き | |
| 1月24日 | 情報技術イニシアチブ(IT2)を開始 | 世界の動き | |
| 1月 | すばる望遠鏡(アメリカ・ハワイ) 完成 | 日本の動き | |
| 6月 | 脳科学総合研究センターで電気ポットに毒物混入(時効) | 理研の歩み | |
| 8月13日 | 産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法制定 | 日本の動き | |
| 9月30日 | 民間核燃料施設(JCO)で臨界事故 | 日本の動き | |
| 10月1日 | 国際フロンティア研究システムをフロンティア研究システムに改称、初代システム長 丸山瑛一 | 理研の歩み | |
| 平成12年（2000） | - | 【渋沢史料館】「養育院:福祉・医療の原点をさぐる」展開催。 | 渋沢関係略年譜 |
| 1月21日 | ナノテクノロジー・イニシアティブ(アメリカ) | 世界の動き | |
| 4月1日 | 横浜研究所発足、初代所長 吉良爽//植物科学研究センターを横浜研究所内に開設、初代センター長 杉山達夫//遺伝子多型研究センターを横浜研究所内に開設、初代センター長 豊島久真男//ライフサイエンス筑波研究センターを筑波研究所に改組、初代所長 宮林正恭//発生・再生科学総合研究センターを筑波研究所内に開設、初代センター長 竹市雅俊 | 理研の歩み | |
| 10月18日 | Alan Jay Heeger、Alan Graham MacDiarmid、白川英樹 ノーベル化学賞受賞 | 日本の動き | |
| 12月6日 | ヒトに関するクローン技術等の規制に関する法律成立 | 日本の動き | |
| 平成13年（2001） | - | 【渋沢史料館】「日本実業史博物館をつくりたい:渋沢敬三の構想と残された蒐集品」展開催。 | 渋沢関係略年譜 |
| 1月1日 | バイオリソースセンターを筑波研究所内に開設、初代センター長 森脇和郎(就任4.1) | 理研の歩み | |
| 1月6日 | 省庁統合、文部省と科学技術庁を統合し、文部科学省設立//総合科学技術会議設置 | 日本の動き | |
| 6月21日 | 国立研究機関が独立行政法人へ 特殊法人等改革基本法制定 | 日本の動き | |
| 7月6日 | 免疫・アレルギー科学総合研究センターを横浜研究所に開設、初代センター長 谷口克 | 理研の歩み | |
| 9月11日 | 同時多発テロ(アメリカ) | 世界の動き | |
| 10月11日 | William S. Knowles、野依良治、K. Barry Sharpless ノーベル化学賞受賞 | 日本の動き | |
| 平成14年（2002） | - | 【竜門社】渋沢青淵記念財団竜門社 研究部を設立する。 | 渋沢関係略年譜 |
| 4月1日 | 主任研究員研究室群(和光)を中央研究所として組織化、初代所長 井上賴直//神戸研究所を兵庫県神戸市に開所、初代所長 柴田勉//発生・再生科学総合研究センターを神戸研究所に移設 | 理研の歩み | |
| 10月8日 | Raymond Davis Jr.、小柴昌俊、Riccardo Giacconi ノーベル物理学賞受賞 | 日本の動き | |
| 10月9日 | John B. Fenn、田中耕一、Kurt Wütrich ノーベル化学賞受賞 | 日本の動き |
