※
（グレーの背景色）は、「渋沢関係略年譜」を参考のために表示しています。この社史に掲載されている年表項目ではありません。
| 年 | 月日 | 事項 | 年表種別 |
|---|---|---|---|
| 平成17年（2005） | - | 【竜門社】晩香廬、青淵文庫が国の重要文化財に指定される。【渋沢史料館】「日米実業史競」東京展開催。 | 渋沢関係略年譜 |
| 8月8日 | イネゲノム塩基配列解読終了(国際コンソーシアム) | 世界の動き | |
| 9月1日 | 分子イメージング研究プログラム開設 | 理研の歩み | |
| 10月1日 | 放射光科学総合研究センター開設 | 理研の歩み | |
| 平成18年（2006） | - | 【竜門社】財団法人渋沢栄一記念財団が創立120年を迎える。 | 渋沢関係略年譜 |
| 1月1日 | 次世代スーパーコンピュータ開発実施本部設置 シンガポール連絡事務所設置 | 理研の歩み | |
| 3月1日 | X線自由電子レーザー計画推進本部設置 | 理研の歩み | |
| 4月1日 | 仁科加速器研究センター開設 | 理研の歩み | |
| 8月24日 | 国際天文学連合により、冥王星が惑星から除外、新設された準惑星に分類 | 世界の動き | |
| 9月30日 | 国産旅客機YS-11、商用のもの全機退役 | 日本の動き | |
| 10月3日 | 天皇皇后両陛下理化学研究所(和光)行幸啓 | 理研の歩み | |
| 12月28日 | 超伝導リングサイクロトロン完成 | 理研の歩み | |
| 平成19年（2007） | - | 【渋沢史料館】新収資料展「渋沢昭子氏旧蔵資料」開催。渋沢史料館改築工事。 | 渋沢関係略年譜 |
| 2月2日 | 国際連合気候変動に関する政府間パネル(IPCC)、地球温暖化で、100年後の地球の平均気温が、20世紀末に比べ1.1-6.4°C上昇という予測を発表 | 世界の動き | |
| 4月1日 | 分子イメージング研究プログラムを神戸研究所に開設 | 理研の歩み | |
| 7月16日 | 新潟県中越沖地震(M6.8) | 日本の動き | |
| 9月14日 | 月観測衛星「かぐや」打ち上げ | 日本の動き | |
| 平成20年（2008） | - | 【渋沢史料館】企画展「日本人を南米に発展せしむ:日本人のブラジル移住と渋沢栄一」開催。 | 渋沢関係略年譜 |
| 3月31日 | ゲノム科学総合研究センター廃止 | 理研の歩み | |
| 4月1日 | 第2期中期計画スタート//中央研究所、フロンティア研究システムを統合し、基幹研究所開設//オミックス基盤研究領域、生命分子システム基盤研究領域及び生命情報基盤研究部門を開設//遺伝子多型研究センターをゲノム医科学研究センターへ改称 | 理研の歩み | |
| 5月12日 | 四川大地震(中国) | 世界の動き | |
| 9月15日 | 世界金融危機(リーマン・ブラザーズ破綻) | 世界の動き | |
| 10月1日 | 分子イメージング研究プログラムを改組し、分子イメージング科学研究センターを開設 | 理研の歩み | |
| 10月7日 | 南部陽一郎、小林誠、益川敏英 ノーベル物理学賞受賞 | 日本の動き |
