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（グレーの背景色）は、「渋沢関係略年譜」を参考のために表示しています。この社史に掲載されている年表項目ではありません。
| 年 | 月日 | 事項 | 年表種別 |
|---|---|---|---|
| 平成11年（1999） | - | 【竜門社】晩香廬(大正6年竣工)の保存修理工事を終了する。 | 渋沢関係略年譜 |
| 7月 | 合成サケカルシトニン製剤「注射用カルシトラン10」(凍乾剤)を新発売 | 当社事項 | |
| 7月 | 中央省庁改革等関連法公布(13年1月施行、厚生省は厚生労働省へ) | 業界、一般事項 | |
| 8月 | 中医協、薬価算定方式見直し専門部会を設置 | 業界、一般事項 | |
| 8月 | 国旗および国歌に関する法律公布、施行(日の丸、君が代の法制化) | 業界、一般事項 | |
| 9月 | 経口避妊剤「アンジュ28」を新発売 | 当社事項 | |
| 9月 | 台湾で大地震発生 | 業界、一般事項 | |
| 10月 | 体外診断薬「エラスターゼテストテイゾー」を新発売 | 当社事項 | |
| 11月 | 「帝国臓器製薬企業行動憲章」を制定 | 当社事項 | |
| 12月 | 中医協、薬価制度改革の基本方針を公表 | 業界、一般事項 | |
| 平成12年（2000） | - | 【渋沢史料館】「養育院:福祉・医療の原点をさぐる」展開催。 | 渋沢関係略年譜 |
| 3月 | 営業外勤者の新しい労働時間制(TECT)を導入 | 当社事項 | |
| 3月 | 埼玉支店と千葉支店を統合して、埼玉・千葉支店を新設 | 当社事項 | |
| 3月 | 北関東支店と甲信越支店を統合して、北関東・甲信越支店を新設 | 当社事項 | |
| 3月 | 動物薬品部をアニマルヘルス部に、特販部を特品部に改称 | 当社事項 | |
| 3月 | 本社新社屋建設に着工 | 当社事項 | |
| 3月 | 薬価基準改正(7.0%引下げ) | 業界、一般事項 | |
| 3月 | 有珠山、23年ぶりに噴火 | 業界、一般事項 | |
| 4月 | 中期経営計画(S.C.S.Plan)を実施 | 当社事項 | |
| 4月 | 介護保険法施行 | 業界、一般事項 | |
| 5月 | ミレニアム・ゲノム・プロジェクトの政府会合発足 | 業界、一般事項 | |
| 6月 | 創立80周年を迎え、80周年記念神社参拝ほかの行事を実施 | 当社事項 |
