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（グレーの背景色）は、「渋沢関係略年譜」を参考のために表示しています。この社史に掲載されている年表項目ではありません。
| 年 | 月日 | 事項 | 年表種別 |
|---|---|---|---|
| 平成11年（1999） | - | 【竜門社】晩香廬(大正6年竣工)の保存修理工事を終了する。 | 渋沢関係略年譜 |
| 3月23日 | バイエル・三共株式会社の株式譲渡および合弁契約解消 | 当社の歩み | |
| 3月25日 | グラクソ・三共株式会社との合弁契約解消 | 当社の歩み | |
| 3月31日 | バーゼル駐在所を閉鎖 | 当社の歩み | |
| 4月1日 | 新経理システム稼働 | 当社の歩み | |
| 4月2日 | 安全性研究所試験E棟竣工 | 当社の歩み | |
| 4月5日 | 阪神出張所を移転(尼崎市武庫之荘) | 当社の歩み | |
| 4月16日 | 医療保険福祉審議会、診療報酬改革に関する意見書を提出 | 内外事情 | |
| 4月21日 | 京都支店、新社屋に移転(市内中京区烏丸通) | 当社の歩み | |
| 5月14日 | 興和株式会社と日産化学工業株式会社が共同開発中の高脂血症治療剤の日本国内における並行販売権を取得 | 当社の歩み | |
| 5月15日 | 平塚工場のB地区厚生棟竣工 | 当社の歩み | |
| 5月18日 | ワーナー・ランバート社と糖尿病治療剤CS-011の共同開発を合意 | 当社の歩み | |
| 6月9日 | バイオ産業法人会議発足 | 内外事情 | |
| 6月18日 | メバロチン、発明協会全国表彰で内閣総理大臣発明賞を受賞 | 当社の歩み | |
| 6月18日 | 厚生省の治験を円滑に推進するための検討会、被験者参加体制および治験実施体制整備に関する報告書を提出 | 内外事情 | |
| 6月29日 | 農薬本部を廃止 | 当社の歩み | |
| 6月29日 | 農薬企画部、農業開発普及部および農業営業部を廃止し農薬部を新設(農薬部にグループ制を導入) | 当社の歩み | |
| 6月30日 | 三共ファルマ ブラジルおよび三共ファルマ ベネズエラを直接子会社とする | 当社の歩み | |
| 7月5日 | 蓼科寮改築工事竣工(長野県茅野市北山) | 当社の歩み | |
| 7月16日 | 中央省庁改革等関連法公布(13.1.6施行)(厚生省は厚生労働省へ) | 内外事情 | |
| 7月16日 | 新農業基本法(食料・農業・農村基本法)公布、施行 | 内外事情 |
