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（グレーの背景色）は、「渋沢関係略年譜」を参考のために表示しています。この社史に掲載されている年表項目ではありません。
| 年 | 月日 | 事項 | 年表種別 |
|---|---|---|---|
| 平成11年（1999） | - | 【竜門社】晩香廬(大正6年竣工)の保存修理工事を終了する。 | 渋沢関係略年譜 |
| 8月1日 | 日本オルガノン株式会社の株式譲渡および合弁契約解消 | 当社の歩み | |
| 8月1日 | 海外安全対策規程を制定 | 当社の歩み | |
| 8月4日 | 中医協、薬価算定方式見直し専門部会を設置 | 内外事情 | |
| 8月13日 | 国旗及び国歌に関する法律公布、施行(日の丸、君が代の法制化) | 内外事情 | |
| 8月16日 | 発明考案表彰規則を改正 | 当社の歩み | |
| 9月8日 | 平塚工場の新製剤包装棟竣工 | 当社の歩み | |
| 9月8日 | 小田原工場のCS-866生産設備工事竣工 | 当社の歩み | |
| 9月13日 | 岡崎出張所を移転(市内伝馬通) | 当社の歩み | |
| 9月16日 | 研究所組織を改正//研究開発推進部を廃止し業務を研究企画部に移管//総合研究所を研究本部に改称//研究本部に研究信頼性保証室を新設//研究企画部を新設//情報管理研究部を新設//活性物質研究所を創薬化学研究所に改称//探索研究所を新設(筑波研究所は廃止し生物資源研究室として存続)//神経科学研究所を廃止し第三生物研究所を新設//分析代謝研究所を薬物動態研究所に改称//第一生産技術研究所を製品開発研究所に改称//第二生産技術研究所を合成技術研究所に改称//課・室制を廃止しグループ制を導入 | 当社の歩み | |
| 9月16日 | 医薬情報第一部の国際安全情報室を廃止 | 当社の歩み | |
| 10月1日 | 研究倫理委員会設置 | 当社の歩み | |
| 10月16日 | 企画部に製品戦略室を新設 | 当社の歩み | |
| 10月29日 | 定山渓寮改築工事竣工 | 当社の歩み | |
| 11月1日 | 医療品部の課制を廃止しグループ制を導入 | 当社の歩み | |
| 11月9日 | 創業100周年記念祝賀会を開催(東京) | 当社の歩み | |
| 11月18日 | 上海三共製薬有限公司を設立(中華人民共和国上海市浦東新区/資本金2,500万ドル/董事長・松田等) | 当社の歩み | |
| 11月30日 | 三共USAニュージャージー事務所を開設 | 当社の歩み | |
| 12月17日 | 中医協、薬価制度改革の基本方針を公表 | 内外事情 |
